رایج ترین كاربرد آزمایش مدفوع تشخیص انواع مختلف انگل های بیماریرا در روده است .
افرادی كه تحت آزمایش مدفوع قرار می گیرند ، باید برای مدت 7 تا 10 روز پیش از انجام این ازمایش از درمان با روغن كرچك یا روغن های معدنی ، بیسموت ، منیزیم ، تركیبات ضد اسهال ،
تنقیه با باریوم و مصرف آنتی بیوتیك ها خودداری نمایند .
بهتر است این آزمایش در سه نوبت انجام شود .نمونه مدفوع باید مستقیما" در ظرفی كه از طرف آزمایشگاه در اختیار بیمار قرار می گیرد جمع آوری شود .
اگر بیمار بستری است. نمونه را در یك ظرف خشك جمع آوری نموده و سپس با استفاده از چوب مخصوص آبسلانگ ) .
نمونه را به ظرف برچسب دار منتقل نمائید . نمونه مدفوع نباید با ادرار یا آب آلوده شود زیر ادرار می تواند برخی از انگل های فعال را از بین ببرد .
بیماران باید نمونه جمع آوری شده را مخصوصا" در موارد مشكوك به اسهال خونی بلافاصله به آزمایشگاه تحویل دهند .
اگر انجام آزمایش حداكثر تا 30 دقیقه پس ازجمع آوری نمونه امكان پذیر نباشد لازم است تا نمونه در یخچال قرار داده شود .